С 2005 года в музее ежегодно проводятся научно-практические конференции. К обсуждению предлагаются следующие проблемы:

• значение возрожденных храмов-памятников для отечественной культуры и истории;
• роль музеефицированных религиозных памятников в жизни современного общества и их музейное использование;
• страницы истории и особенности убранства храмов-памятников музея;
• особенности экскурсионной и методической работы в храмах-памятниках;
• особенности экспозиционно-выставочной работы в храмах-памятниках;
• реставрация памятников архитектуры и искусства: реставрация коллекций и элементов декоративно-художественного убранства религиозных памятников архитектуры и искусства;
• научные методики, проектное и инженерное обеспечение реставрационных работ в религиозных памятниках архитектуры и искусства;

К участию в конференции приглашаются представители музейной общественности России, ученые, преподаватели и студенты ведущих вузов Санкт-Петербурга, представители реставрационных организаций и фирм, сопровождающих и обеспечивающих проведение реставрационных работ.
Дата проведения конференций – 4 декабря – приурочена к празднику «Введение Пресвятой Богородицы во храм».